Also eigentlich hijackst Du jetzt diesen Thread, aber bitte, wenn's hilft, dann von mir aus auch gerne.
Zuerst einmal gehört eines geklärt: Welches Navi hast Du?
Wie oben schon erwähnt kann man ein Discover Media nur mit der (im Lieferumfang des Navi inkludierten) VW SD-Karte benutzen. Andere akzeptiert das Navi schlicht nicht.
Beim Discover Pro braucht man im laufenden Betrieb gar keine SD-Karte, da diese eine SSD eingebaut hat auf der die Daten liegen. Die SD-Karte (oder einen USB-Stick) braucht man nur um aktualisierte Navi-Daten vom PC auf die SSD im Navi zu kopieren.
Die von Dir erwähnte Verzeichnisstruktur passt jedenfalls zum Discover Media.
Die hat entpackt einen maps Ordner (mit mehreren Unterordnern) + eine Checksummendatei (mit der Dateiendung .md5sum.txt).
Das Discover Care Zeugs sind nur die einzelnen Teildateien des gepackten Archivs. Das hat auf der SD-Karte definitiv nichts verloren!
In Deinem Fall also die Originale SD-Karte aus dem Auto entfernen, am PC anstecken, löschen und dann die Daten auf die SD-Karte kopieren. Mehr ist es nicht.
Wenn man die dann wieder ins Navi steckt, dann liest er ab sofort die neuen Daten von der SD-Karte.
Bei einem Discover Pro müsste man dagegen auf dem Navi noch im Menü auf Software-Update (SD/USB) gehen, woraufhin dann die Daten von der SD-Karte/USB-Stick in die interne SSD kopiert werden.
Auch sind die Kartendownloads beim Discover Pro mit ~25GB wesentlich größer (Download fast doppelt so groß wie beim Discover Media mit rund ~13GB).